Achtung: Spoiler!

Der Tribe "Mall Rats" findet sich zusammen. Sie hausen in einem Einkaufszentrum und müssen sich gegen andere Tribes wie die Locos, mit ihrem Anführer Zoot (nach seinem Tod Ebony, die später auch zu den Mall Rats stößt), oder die Demon Dogs verteidigen. Währenddessen geschehen natürlich auch einige Ereignisse. Trudy bekommt ihr Baby, Salene erkrankt an Bulimie, Bray und Amber kommen zusammen, es stellt sich heraus, dass Zoot, der eigentlich Martin heißt, Brays Bruder ist, und Zandra und Lex heiraten. Außerdem taucht für kurze Zeit auch noch Glen auf, der am Anfang der ersten Staffel von Lex, Ryan und Zandra im Stich gelassen wurde, und nun das Virus hat. Nach Glens Tod beschließen die Mall Rats, das Gegenmittel zu suchen, um zu verhindern, dass das Virus sich in der ganzen Stadt ausbreitet. Sie gelangen in ein Observatorium auf "Eagle Mountain". Dort finden sie heraus, das es Forschern gelungen war, ein Gegenmittel herzustellen, sich das Virus jedoch zu schnell ausgebreitet hatte, um das Mittel in allen Städten zu deponieren, und dass es in ihnen Händen liegt, das Gegenmittel erneut herzustellen. Als der Generator heißläuft, kommt es zur Explosion des Observatoriums, bei der die schwangere Zandra sowie Amber (wie geglaubt wird) ums Leben kommen. Bray ist schwer erschüttert und legt zum Abschied seinen Ring auf Ambers Grab.

Bei einer Explosion des Observatoriums kommen Zandra und Amber vermeintlich ums Leben. Bei der Suche nach dem Gegenmittel hat Bray Danni kennengelernt, die er mit in die Mall nimmt und sich mit der Zeit in sie verliebt. Der restliche Stamm findet schließlich das Gegenmittel, und nach einiger Zeit gelingt es Tai-San, das Gegenmittel selbst herzustellen. Das Gegenmittel verleiht dem Stamm nun Macht, und sie schaffen es, Handel aufzubauen und Gesetze einzuführen. Natürlich bringt ihnen die Macht Probleme, denn viele wollen an die Formel gelangen, und Tai-San wird beinahe vergiftet; das tödliche Gift gelangt jedoch an den Hund der Mallrats, Bob. Außerdem wird Trudys kleine Tochter Brady von einem neuen Stamm, den "Chosen", die an eine übersinnliche Macht des in der 1. Staffel verstorbenen Zoot glauben und vom Guardian angeführt werden, entführt, da Zoot ihr Vater ist. Um das heilige Dreieck zu schließen, fehlt ihnen nun nur noch Trudy, die Verehrte Mutter, welche von Ebony, die sich daraus einen Vorteil für sich selbst verspricht, den Chosen ausgeliefert wird. Nach ihrer Rückkehr in die Mall spioniert und intrigiert Trudy für den Guardian, da er ihr Kind gefangen hält. Als neue Figur taucht "May" auf, welche Salene kennenlernt, als sie wieder aus der Mall fleiht. Salene ist mit Ryan zusammen, jedoch in Bray verliebt. Als Bray ihre Gefühle jedoch nicht erwiedert, reißt sie aus. Als sie May trifft,sagt ihr diese, dass Salene schwanger ist. Beide kehren wieder zur Mall zurück. Inzwischen haben Tai-San und Lex zueinander gefunden. Tai-San kann mit dieser Situation nicht umgehen, da sie Alice, welche in Lex verliebt ist, verletzt und belogen hat. Nahe dem Ende der 2. Staffel gibt es eine Doppelhochzeit zwischen Lex & Tai-San und Ryan & Salene. Beide Paare werden von Trudy getraut.

Übernahme und Unterdrückung der Stadt durch die Chosen. Der Guardian wird anscheinend immer verrückter und versklavt die Mall Rats und viele Stadtbewohner. Einige der Mitglieder können aus der Mall flüchten und tun alles, um den Chosen Schaden zuzufügen. Dabei ist auch Bray, der zu dieser Zeit Amber wiedergefunden hat. Den Rebellen gelingt es, Trudy wieder auf ihre Seite zu ziehen und Brady zu entführen, womit der Ideologie der Chosen jegliche Grundlage entzogen wird. Schließlich besiegen die Mallrats die Chosen und bauen wieder ein staatliches System auf. Ebony gewinnt die Wahl zur Anführerin der Stadt und es wird versucht, Geld wieder einzuführen, was jedoch scheitert. Ebony schickt Bray mit der schwangeren Amber aus der Stadt.

Amber bekommt ihr Baby, aber Bray wird von den Technos verschleppt. Invasion durch die mit High Tech-Ausstattung ausgerüsteten "Technos", die die Stadt mit Ihrem Anführer Ram, der mit zwei Frauen, Ebonys Schwestern Java und Siva, (und später auch mit Ebony) verheiratet ist, und seinem General Jay übernehmen. Laut eigenen Aussagen wollen sie nur mit den Bewohnern kooperieren und die Stadt wieder zurück an die Technik führen (z.B. durch Einschaltung des elektrischen Stromes); es wird aber mit der Zeit immer klarer, dass Ram völlig andere Pläne verfolgt als z.B. Jay, der dafür lebt, die Welt zu verbessern. Ram wird von den Mall Rats und dem übergelaufenen Jay mit Hilfe des Technos Mega gestürzt.

Nachdem Ram gestürzt wurde, nimmt Mega die Position des "Lords" bei den Technos ein. Auch er will scheinbar die Stadt verbessern, doch liegen auch seine wahren Ziele woanders. So kommt es, dass die Mall Rats zusammen mit Ram einen erneuten Aufstand gegen die Technos vorbereiten. Doch als die Stadt übernommen ist, setzt ein unkontrolliert selbständig gewordenes Kl-Programm von Ram ein neues Virus (das 'Virus Nr. 2') frei. Bei dem Versuch, die Ausbreitung des Virus zu verhindern, kommt Mega ums Leben. Da sich die Katastrophe nicht mehr aufhalten lässt, muss die Stadt evakuiert werden und die Stadtbewohner fliehen über das Meer, so auch die Mall Rats.